京都大学初建时整个大学只有一个理工科分科大学，共有6个专业21个讲座，学生不到500人，木下广次为首任校长。数年之后，又增设了法科、医科、文科等3所分科大学，这时全校已有5个分科大学。4年后新的大学令颁布，分科大学改名为学部。法学部原有的法律学和经济学分家，同时上升为学部。经过数年的努力，农学部和一些研究机构相继成立，学校规模有了很大的发展，学生人数成倍增加，京都第三高中并入后，以此为基础成立了人文学部，后发展成为今天的教养学部。战后，按照新的教育法，全部实行新制，削去帝国大学中的“帝国”二字，清除军国主义对京都大学的破坏和影响，包括实行男女共学，清理教师队伍，废除一些不合时宜的讲座，增设教育学部、药学部和一些研究所，研究生的教育得到了长足发展，对外开放门户。这样，就成了在日本仅次于东京大学的学科齐全、规模宏大的国立综合大学。